CLASI-FISH成像显示肠道菌群无单菌聚集区，口腔Corynebacterium matruchotii主导牙菌斑骨架结构
CLASI-FISH（组合标记与光谱成像荧光原位杂交，combinatorial labeling and spectral imaging-fluorescence in situ hybridization）通过光谱成像区分最多16种荧光信号，以探针组合为每个分类单元生成独特的光谱”指纹”，在不培养、不打散群落的情况下直接看到各菌群在原位的空间位置（PMID: 42614111）。这篇发表于《Essays in biochemistry》的文章是综述，Jessica Mark Welch梳理了该方法在口腔、肠道和海洋微生物组中的多项应用，本身不包含新的原始实验数据。
Corynebacterium matruchotii 与牙菌斑的空间骨架
在牙菌斑中，成像揭示了Corynebacterium matruchotii在生物膜空间结构中充当骨架的功能，此前没有被认识到（PMID: 42614111）。成像还呈现出牙菌斑”玉米穗”（corncob）结构的多样性超过以往描述，存在以前没有识别的复杂性。
舌背（tongue dorsum）生物膜呈斑片状，以伸出舌面的宿主上皮细胞为核心展开：厌氧菌（anaerobes）集中在靠近上皮的内层，耐氧菌群分布在外侧（PMID: 42614111）。材料里还有一个值得留意的推测：舌背优势菌群中有成员能将硝酸盐（nitrate）还原为亚硝酸盐（nitrite），由此推测可能在人体硝酸盐代谢中扮演角色。材料用的是”may play”，没有提供因果定量数据，目前停留在关联推测层面。
肠道菌群的混合速率与单菌聚集区的竞争
口腔生物膜如此有序，肠道却截然相反。CLASI-FISH在肠道里看到的是均匀混合的群落，没有形成单菌聚集区（single-taxon patches）（PMID: 42614111）。作者解释，肠道内容物的混合速率足以超过细菌增殖形成单菌团聚的速度，混合赢了增殖。材料明确将这一结果描述为与口腔生物膜高度结构化的”对比”（in contrast with）。
这个发现直接说明，宿主相关微生物组在不同身体部位的空间组织机制可以根本不同。同是一套菌群测量手段，放到不同部位，得到的生态图景完全是两回事。
CLASI-FISH还被用于海带（kelp）表面，看到了靠近海带表面的球菌团块、侵入海带组织的细菌，以及向水柱延伸的杆菌和丝状菌（PMID: 42614111）。这说明这套方法不局限于人体微生物组；对于做肠道研究的读者，这个案例只是方法适用范围的补充。
ASD 菌群机器学习文献中的 ROC-AUC 0.66 到 1.00
同天另一篇批判性综述梳理了机器学习在自闭症谱系障碍（autism spectrum disorder，ASD）基因组研究中的应用，涵盖基因表达分析、全外显子测序（whole-exome sequencing，WES）、非编码变异解读、多组学整合、单细胞转录组、表观遗传和肠道菌群分类，检索截至2026年5月（PMID: 42682077）。这篇文章采用主题文献综合（purposive, thematic literature synthesis）方法，不是系统综述，没有穷尽文献，代表性受文献选择策略本身的限制。
对生物信息学读者最直接的价值，在作者的这个判断：领域内报告的ROC-AUC值从接近0.66到1.00都有，而经过最佳验证的专用基因组架构只达到ROC-AUC≈0.73（PMID: 42682077）。作者评估认为，极端AUC数值更符合过拟合（overfitting）或数据泄漏（data leakage）的模式，而非真实信号；但他们承认，原始报告往往没有提供足以确认这一判断的必要信息。
综述还区分了两个容易混淆的属性：可解释性（interpretability）和预测性能是正交的。专用架构借助SHapley Additive exPlanations（SHAP）等工具能给出有生物意义的特征归因，但这与模型判别力高低是两件不同的事（PMID: 42682077）。知道模型”看哪里”和它”看得准不准”，从来都不是同一个问题。
综述点出的关键挑战包括研究人群偏向欧洲裔、社会经济层面的选样偏差、效应量普遍偏小、相关与因果的混淆，以及计算预测与临床实用之间的鸿沟（PMID: 42682077）。
同一天的临床营养综述（PMID: 42681978）梳理了炎症性肠病（IBD）、消化道肿瘤和危重症中肠内营养与肠外营养的选择依据，提及营养支持对肠道菌群的影响是有待深入研究的方向，但摘要层面未展开具体数据。
- Social lives of bacteria as revealed through CLASI-FISH.，Essays in biochemistry（PMID: 42614111）
- Nutrition support in gastroenterology: opinion on current literature.，Current opinion in gastroenterology（PMID: 42681978）
- A Critical Synthesis of Machine Learning in Autism Spectrum Disorder Genomic Research: From Transcriptomics to Microbiome.，Medeniyet medical journal（PMID: 42682077）