碱基日读 每天读完真实文献,只讲有用的那一段

在线科研小工具

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序列处理

DNA / RNA 反向互补序列在线转换

粘贴序列即得反向互补、互补、反向三种结果,支持 FASTA 与 IUPAC 简并碱基。

DNA 序列 GC 含量与 Tm 值在线计算

计算 GC%、碱基组成、分子量与两种经验 Tm,适合快速检查引物。

DNA 序列翻译成蛋白质(六框翻译)在线工具

标准遗传密码表,支持单框与六框翻译、ORF 查找。

FASTA 文件统计:序列数、长度分布与 N50

粘贴 multi-FASTA,立刻得到条数、总长、N50/L50、GC% 和长度分布。

蛋白质分子量、等电点与 280nm 消光系数在线计算

输入氨基酸序列,算出分子量、理论 pI、摩尔消光系数和 1 mg/mL 的 A280。

双序列比对在线工具(Needleman-Wunsch 全局比对)

两条序列全局比对,给出比对结果、得分、一致度与错配/空位统计。

密码子表速查(标准遗传密码):密码子与氨基酸双向查询

标准遗传密码全部 64 个密码子,支持密码子查氨基酸、氨基酸反查密码子,DNA 与 RNA 写法都认。

氨基酸性质速查表:分子量、侧链 pKa、疏水性与密码子数

20 种标准氨基酸的残基质量、游离分子量、侧链 pKa、Kyte-Doolittle 疏水性与密码子数,支持单字母/三字母/中英文名查询。

常用限制酶识别序列速查表与酶切位点查找

30 种常用限制酶的识别序列、切点、末端类型与平均间隔,并可粘贴序列查找酶切位点(支持线性与环状)。

非标准遗传密码表对照:线粒体、细菌与纤毛虫密码子差异速查

NCBI 全部 27 张遗传密码表,逐个密码子列出与标准表的差异,支持按表号与密码子查询。

密码子偏好性表与稀有密码子扫描(含 CAI 计算)

九个常用物种的密码子使用频率,粘贴 CDS 即可扫描稀有密码子、算 CAI,并给出每个氨基酸在该宿主里的最优密码子。

实验计算

离心机 RCF (g) 与 RPM 在线换算

按转子半径在相对离心力与转速之间双向换算,附常见转子半径参考。

摩尔浓度、质量与体积在线换算

已知任意两项求第三项:浓度、体积、质量,支持 mM/µM/nM 与 mg/µg/ng。

溶液稀释计算器 (C1V1 = C2V2)

母液稀释、倍数稀释、系列稀释一次算清,自动给出需加溶剂体积。

核酸浓度换算:OD260、ng/µL 与 pmol 互转

A260 转质量浓度,ng 与 pmol 互转,支持 dsDNA / ssDNA / RNA / 寡核苷酸。

血细胞计数板细胞浓度在线计算

输入各大格计数与稀释倍数,算出细胞浓度、总细胞数与铺板所需体积。

缓冲液配制计算器(Henderson-Hasselbalch)

按目标 pH 算出酸式与碱式组分的比例和各自需要的质量。

PCR 反应体系配制计算器(含多样本预混)

按储液浓度与终浓度算出每种组分取样量与补水量,支持多样本批量预混。

DNA / RNA 拷贝数在线计算(质粒标准品、qPCR、ddPCR)

由浓度和长度算出每微升拷贝数、每管拷贝数与单拷贝质量,并生成标准曲线稀释方案。

细菌 / 细胞倍增时间与生长速率在线计算

输入两个对数期时间点的 OD 值或细胞计数,计算倍增时间(Generation Time)、比生长速率 μ 与增殖代数,并可预测任意时间点的菌量或细胞数。

DNA 连接反应计算器(载体与插入片段用量 / Ligation)

输入线性化载体的用量与大小、插入片段大小及目标摩尔比,自动计算连接所需插入片段质量与各组分 fmol 数,适用于 T4 连接酶黏端和平端克隆。

统计分析

多重检验校正在线计算:BH (FDR)、BY 与 Bonferroni

粘贴一列 p 值,一次得到 BH 的 q 值、BY 与 Bonferroni 校正值,三者并列对照。

qPCR 2^-ΔΔCt 相对定量在线计算

粘贴 Ct 表,自动算 ΔCt、ΔΔCt、相对表达倍数与组内离散度。

基因列表交集并集差集在线计算(Venn 集合运算)

粘贴 2–3 组基因/ID 列表,一键得到交集、并集、各自独有,含去重与大小写归一。

log2FC 与倍数变化 (Fold Change) 在线互转

log2FC ↔ 倍数、上调下调百分比,附常用阈值对照表。

标准曲线线性回归与未知样本反算(BCA / Bradford / ELISA)

粘贴标准品浓度与读数,得到斜率、截距、R²,并反算未知样本浓度。

测序深度与数据量在线计算(Lander-Waterman)

在测序深度、reads 数、数据量与基因组大小之间双向换算。

两组比较样本量估算(t 检验 / 比例检验)

按效应量、显著性水平与把握度,估算每组需要多少样本。

群落多样性指数在线计算(Shannon / Simpson / Chao1)

粘贴物种丰度表,算出 Shannon、Simpson、均匀度与 Chao1 丰富度估计。

富集显著性检验在线计算(超几何分布 / Fisher 精确检验)

输入背景基因数、通路基因数、列表长度与重叠数,算出 p 值、富集倍数与期望重叠。

qPCR 扩增效率与 Pfaffl 相对定量在线计算(标准曲线斜率求 E)

用系列稀释的 Ct 拟合标准曲线,算扩增效率 E 与 R²;再按 Pfaffl 公式做效率校正的相对定量。

RNA-seq 表达量归一化在线计算:RPKM / FPKM / TPM 互算

粘贴基因的 read 数与长度,一次算出 RPKM / FPKM 与 TPM,并直接看出 TPM 合计为 100 万而 RPKM 不是。

t 检验在线计算:独立样本 / 配对样本 / 单样本(含 Welch 校正)

粘贴两组数即可算出 t 值、自由度、双尾 p 值、均值差置信区间与 Cohen's d,默认用 Welch 校正。

单因素方差分析在线计算(含两两比较与多重校正)

三组及以上均值比较,给出 F 值、方差分析表、p 值与 η²,并可做两两比较(Bonferroni 或 BH 校正)。

Mann-Whitney U 与 Wilcoxon 符号秩检验在线计算

偏态数据或等级资料的两组比较,给出 U/W 统计量、精确或近似 p 值、效应量,并提示该样本量下最小可能的 p。

卡方检验与 Fisher 精确检验在线计算(含 OR / RR)

列联表独立性检验,给出 Pearson 卡方、Yates 校正与 Fisher 精确 p 值,2×2 表另给优势比与相对危险度及置信区间。

相关系数在线计算:Pearson、Spearman 与 Kendall

一次算出三种相关系数与各自的 p 值,给出 Pearson 的置信区间与 r²,并在结果异常时提示离群点或非线性。

科研通用

投稿图件尺寸与分辨率换算(mm / inch / px / DPI)

按期刊要求的栏宽和 DPI 算出图片应有的像素尺寸,并反查现有图片是否达标。

中英混排字数统计(摘要 / 投稿字数限制)

分别统计中文字符数、英文单词数与总字符数,支持排除参考文献与图表标题。

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