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显微镜像素尺寸与 Nyquist 采样(放大倍率够不够,看的是像素不是倍数)

由相机像元、物镜倍率与 NA 算样品面有效像素尺寸(µm/像素)、衍射极限分辨率,并判断是否满足 Nyquist 采样;顺带换算视场宽度与比例尺像素数。

一个可分辨距离被几个像素采到2.340× / 6.5 µm1.3960× / 6.5 µm2.0960× + 1.5× / 6.5 µm3.14
同一台 6.5 µm 像元的相机、同一个 NA 1.40 油镜(λ = 520 nm,d = 226.6 nm)。40× 明显欠采样;最常用的 60× 只到 2.09,满足经典的 2 倍而不满足对角线修正后的 2.3 倍;加一个 1.5× 中间镜才越过去,代价是视场缩到 2/3、每像素光子少一半多。这个取舍应该被算出来,而不是被默认。

「我用的是 60× 油镜」——这句话说明不了图像有没有分辨率

物镜能分开的两个点,如果落进同一个相机像素,那个分辨率就没进到图里。 决定成像细节的不是放大倍数,是一个可分辨距离被几个像素采到

三步

样品面有效像素 = 相机像元尺寸 × binning ÷ (物镜倍率 × 中间倍率)
分辨率 d(Rayleigh)= 0.61 × λ ÷ NA
够不够 = d ÷ 有效像素,要 ≥ 2.3

注意有效像素的单位是「样品上的微米」,不是传感器上的微米—— 放大倍率的作用就是把样品放大到传感器上,所以它在分母。

为什么是 2.3,不是 2

经典的 Nyquist 判据说采样间隔要小于半个最小可分辨距离,也就是 2 倍。 那条结论成立的前提是结构正好沿着像素网格的横竖方向排列。 生物样品不会这么配合:沿对角线方向的结构,像素网格在那个方向的间距是 √2 倍, 所以要把系数提到 2.3(有的资料用 2.8)才能采到。

验算

拿一组公开参数对一遍:λ = 550 nm、NA = 1.25、100× 物镜、12 µm 像元。

d        = 0.61 × 550 ÷ 1.25 = 268.4 nm
有效像素 = 12 ÷ 100          = 0.12 µm = 120 nm

资料上写的正是「分辨率约 268 nm」「有效像素 120 nm」。 本工具用的就是这两条式子,你可以拿自己系统的参数核对。

顺带说一句这组参数的结论:268.4 ÷ 120 = 2.24,差一点点不到 2.3。 100× 配 12 µm 像元听上去很富裕,实际是卡在线上的。

最常见的那个搭配,其实也在线上

60× / NA 1.40 油镜配 6.5 µm 像元的 sCMOS,是眼下最普通的荧光成像配置:

d        = 0.61 × 520 ÷ 1.40 = 226.6 nm
有效像素 = 6.5 ÷ 60          = 108.3 nm
d ÷ 有效像素 = 2.09

满足经典的 2 倍,不满足对角线修正后的 2.3 倍。 加一个 1.5× 中间镜变成 90× 总倍率,有效像素降到 72.2 nm、比值到 3.14, 代价是视场缩小到原来的 2/3、每像素收到的光子少一半多。 这个取舍没有标准答案,但它应该是被算出来的,不是被默认的。

过采样也要花钱

比值远大于 2.3 并不是越大越好:视场变小、每像素光子变少、 同样信噪比要更长曝光或更强激发,而后者直接换成光漂白和光毒性。 所以这个工具两头都会提示。

两个判据的区别

Abbe 判据 d = λ / (2·NA) 给的是光学系统能传递的最小周期结构, Rayleigh 判据 d = 0.61 λ / NA 给的是两个点光源刚好能被分开的距离, 后者更大也更贴近「我能不能看出这是两个点」这个问题,所以采样判断惯常用它。 本工具两个都给出来,采样结论按 Rayleigh 算。

用的是发射波长

λ 要填发射波长,不是激发波长——成像的是发出来的光。 GFP 约 510 nm,mCherry 约 610 nm,DAPI 约 460 nm。 换个通道分辨率就变,同一台镜子在红通道下更容易欠采样。

边界

相关工具

投稿图的像素与物理尺寸换算见 图像分辨率与 DPI; 显微镜下计数的浓度换算见 血球计数板计数

常见问题

放大倍率越高,图像细节就越多吗?

不是。决定细节的是**一个可分辨距离被几个像素采到**,也就是分辨率 d 除以样品面有效像素尺寸,这个比值要 ≥ 2.3。倍率只是把样品放大到传感器上,它进入的是有效像素那一项的分母:有效像素 = 像元尺寸 × binning ÷ (物镜倍率 × 中间倍率)。倍率高但相机像元也大,比值一样上不去;而比值远超 2.3 之后再加倍率,换来的只有更小的视场和更少的光子。

为什么采样系数是 2.3 而不是 Nyquist 的 2?

2 这个数成立的前提是结构正好沿着像素网格的横竖方向排列。生物样品不会这么配合:沿对角线方向的结构,网格在那个方向的间距是 √2 倍,所以系数要提到 2.3(有的资料用 2.8)。落在 2 和 2.3 之间的配置不是错的,只是横平竖直的结构采得到、斜着的会丢。

Rayleigh 和 Abbe 两个分辨率公式该用哪个?

Abbe 判据 d = λ / (2·NA) 给的是光学系统能传递的最小周期结构;Rayleigh 判据 d = 0.61 λ / NA 给的是两个点光源刚好能被分开的距离。后者数值更大,也更贴近「我能不能看出这是两个点」这个实际问题,所以采样判断惯常用 Rayleigh。本工具两个都算出来,采样结论按 Rayleigh。(Abbe 的横向式子见 PMID 34015334。)

怎么确认这个工具算得对?

拿一组公开参数对一遍:λ = 550 nm、NA = 1.25、100× 物镜、12 µm 像元,分辨率 d = 0.61 × 550 ÷ 1.25 = 268.4 nm,有效像素 = 12 ÷ 100 = 120 nm。公开资料上写的正是「约 268 nm」和「120 nm」。顺带一提这组参数的比值是 2.24,差一点点不到 2.3——100× 配 12 µm 像元听上去很富裕,其实是卡在线上的。

波长填激发的还是发射的?

填**发射**波长,成像的是样品发出来的光。GFP 约 510 nm、mCherry 约 610 nm、DAPI 约 460 nm。分辨率与波长成正比,所以同一台镜子在红通道下的 d 更大、更容易欠采样——换通道时比值是会变的,值得各算一次。

binning 会影响采样吗?

会,而且是最容易被忽略的一项。binning 2 把有效像素放大一倍,比值直接减半,很可能把一个本来合格的配置打成欠采样。它换来的是读出更快、每像素信噪比更高,所以在光线很弱、细节不关键的场合才划算。本工具会把 binning 算进去。

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