qPCR 2^-ΔΔCt 相对定量在线计算
2^-ΔΔCt 法(Livak 法)是 qPCR 相对定量最常用的算法,三步:
ΔCt = Ct(目的基因) − Ct(内参基因) 同一个样本内
ΔΔCt = ΔCt(处理组样本) − ΔCt(对照组均值)
倍数 = 2^(−ΔΔCt)
指数里的 2 表示每个循环产物翻一倍,也就是假设扩增效率恰好是 100%。
这个假设是 2^-ΔΔCt 法最大的软肋。 如果目的基因和内参的扩增效率相差较大, 结果会系统性偏移。规范做法是先做标准曲线,确认两对引物效率都在 90–110% 且彼此接近; 差得多就改用 Pfaffl 法,用各自的实际效率作底数。 效率和 Pfaffl 比值可以用扩增效率计算器直接算。
其他要点:
- 内参必须在你的处理条件下真的稳定。缺氧、增殖变化会让 GAPDH、ACTB 不再可靠, 最好先用 geNorm/NormFinder 之类的方法筛内参。
- 技术重复用来评估上样误差,生物学重复才能做统计检验。用技术重复算 p 值是无效的。
- 统计检验应该在 ΔCt 或 ΔΔCt 层面做(这是近似正态的量),而不是在 2^-ΔΔCt 之后, 因为指数变换会把分布拉偏。
常见问题
为什么倍数要用 2 的次方?
2 代表每个 PCR 循环产物翻一倍,即 100% 扩增效率。效率偏离较大时应改用 Pfaffl 法,用实测效率作底数。
能用技术重复做 t 检验吗?
不能。技术重复只反映上样与仪器误差,统计推断必须基于独立的生物学重复。
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