基因组坐标系转换器
BED 的坐标和 GFF、VCF 的坐标差 1，这是生信里最经典的 off-by-one 来源。 这个工具把一段区间在两套坐标系之间换算，并直接给出可粘贴的 BED 与 GFF 行。
两套坐标系
规范里对这两套系统有明确定义（原文见文末出处）：
| 首碱基编号 | 区间写法 | 使用这套的格式 | |
|---|---|---|---|
| 1-based | 1 | 闭区间 [start, end] |
SAM、VCF、GFF/GTF、Wiggle |
| 0-based | 0 | 半开区间 [start, end) |
BAM、BCFv2、BED、PSL |
规范自己举的例子是：第 3 到第 7 个碱基（含两端），
在 1-based 里写作 [3, 7]，在 0-based 里写作 [2, 7)。
只有起点差 1，终点是一样的
这是最该记住的一句话。拿上面那个例子：
GFF start = 3 end = 7
BED start = 2 end = 7
↑ 两者相同
BED 的 end 和 GFF 的 end 数值完全相同，差别只在 start。 原因是 0-based 半开区间把起点往左挪了一位，同时终点不含在内， 两个偏移正好抵消。
最常见的错误是把 end 也加 1，结果区间凭空长出一个碱基。 这种错误不会报错，只会让你的统计悄悄偏掉——每个区间多算一个碱基， 几万个区间累积起来就是可观的偏差。
长度公式也因此不同
BED 长度 = end − start （不加 1）
GFF 长度 = end − start + 1 （要加 1）
两个公式算出来是同一个数。上面那段都是 5 bp：7 − 2 = 5，7 − 3 + 1 = 5。
记混的典型症状是所有区间长度都差 1——如果你发现自己算出来的外显子长度
总比数据库里少 1 或多 1，多半就是套错了公式。
单碱基位点
一个 SNP 在 VCF 里写 POS = 1000。它在 BED 里是：
chr1 999 1000
看起来像跨了两个位置，其实长度正好是 1000 − 999 = 1，就是一个碱基。
把 SNP 列表转成 BED 时，start 要减 1，end 保持不变。
BED 能表示零长度区间，GFF 不能
BED 里 start == end（例如 chr1 100 100）是合法的，表示一个零长度的插入点——
插入发生在第 100 与第 101 个碱基之间。
1-based 闭区间没法表示零长度：[101, 100] 这种 start > end 的写法在 GFF 里是非法的
（规范明确要求 start ≤ end）。所以这类区间无法直接转换，只能改用文字描述插入位置。
本工具遇到这种输入会明说转不了，而不是给一个看似合理的数。
顺带一提：还有一层坑在链方向
坐标系只是第一层。BED 的第 6 列和 GFF 的第 7 列都是链方向， 但坐标始终是相对正链给出的——负链基因的 start 仍然小于 end， 不会因为在负链上就把两者对调。 需要「基因自身 5′ 端」时要自己根据链方向决定取 start 还是 end。
数据出处
两套坐标系的定义与各格式的归属，取自 htslib 官方规范仓库中
SAM 规范的术语表（Samtools/hts-specs，SAMv1 第 1 节）：
其中明确写出「SAM、VCF、GFF 与 Wiggle 使用 1-based 坐标系」
以及「BAM、BCFv2、BED 与 PSL 使用 0-based 坐标系」，并给出了 [3,7] / [2,7) 这个例子。
另外两处独立印证：VCF 规范（VCFv4.3）写明「POS 是参考位置，首碱基位置为 1」； GFF3 规范（Sequence Ontology）写明坐标是「positive 1-based integer coordinates」 且「start 始终小于等于 end」。
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常见问题
BED 和 GFF 的坐标到底差在哪？
只差在 start。BED 是 0-based 半开区间，GFF 是 1-based 闭区间，BED 的 start 比 GFF 小 1，而两者的 end 数值完全相同。以第 3 到第 7 个碱基为例：GFF 写 start=3、end=7，BED 写 start=2、end=7。把 end 也加 1 是最常见的错误，会让每个区间多出一个碱基。
为什么 BED 的长度不用加 1？
因为半开区间的终点不包含在内。BED 长度 = end − start，GFF 长度 = end − start + 1，两个公式算的是同一个数。如果你发现自己算出来的区间长度总比数据库里差 1，基本可以断定是把两个公式套混了。
SNP 怎么从 VCF 转成 BED？
start 减 1，end 保持不变。VCF 里 POS=1000 的位点，BED 行是 chr1 999 1000。看起来跨了两个数字，实际长度是 1000−999=1，正好一个碱基。
BED 里 start 和 end 相等是什么意思？
是一个零长度的插入点，表示插入发生在该位置与下一个位置之间，这在 BED 里合法。但 1-based 闭区间无法表示零长度区间（GFF3 规范要求 start ≤ end），所以这类区间转不成 GFF，只能用文字描述插入位置。本工具遇到会明说转不了。
负链上的基因，start 和 end 要对调吗？
不要。无论 BED 还是 GFF，坐标都是相对正链给出的，负链基因的 start 依然小于 end。链方向单独记在 BED 第 6 列或 GFF 第 7 列。需要「基因自身的 5′ 端」时，要自己根据链方向决定取 start 还是 end。
还有哪些格式用 0-based？
按 SAM 规范的术语表：0-based 半开的有 BAM、BCFv2、BED、PSL；1-based 闭区间的有 SAM、VCF、GFF/GTF、Wiggle。注意 SAM 和 BAM 是同一份数据的两种存储形式，但坐标约定不同——文本的 SAM 是 1-based，二进制的 BAM 是 0-based，转换由工具在读写时处理。
samtools 和 IGV 里输入的区间是哪一套？
是 1-based 闭区间，也就是 chr1:1000-2000 表示第 1000 到第 2000 个碱基、含两端，共 1001 bp。这和 BED 文件里的写法不同，从 BED 复制坐标去 samtools 查区间时，start 要加 1。