碱基日读 每天读完真实文献,只讲有用的那一段

工具序列处理

DNA 序列翻译成蛋白质(六框翻译)在线工具

标准遗传密码表,支持单框与六框翻译、ORF 查找。

把核酸序列翻译成氨基酸,用的是标准遗传密码表(NCBI translation table 1)。 每三个碱基一个密码子,64 个密码子对应 20 种氨基酸加 3 个终止信号。

为什么要六框? 一段序列你事先不知道读码框在哪,也不知道编码在正链还是负链。 正链三个偏移(0/1/2)加上反向互补链三个偏移,一共六种可能,全试一遍才不会漏。

工具会同时列出每个框里的开放阅读框(ORF):从 ATG 开始、到终止密码子结束、且长度达到阈值的片段。 这是最朴素的 ORF 定义,真核基因有内含子,不能直接这么找——这个工具适用于原核基因、cDNA 和质粒序列。

常见问题

* 和 X 分别代表什么?

* 是终止密码子(TAA/TAG/TGA);X 表示该密码子含有 N 或非法字符,无法确定氨基酸。

为什么真核基因翻译出来是乱的?

真核基因组序列含内含子,必须先剪接。请用 mRNA/cDNA 序列,或先做基因结构注释。

相关工具

FASTA 文件统计:序列数、长度分布与 N50

粘贴 multi-FASTA,立刻得到条数、总长、N50/L50、GC% 和长度分布。

蛋白质分子量、等电点与 280nm 消光系数在线计算

输入氨基酸序列,算出分子量、理论 pI、摩尔消光系数和 1 mg/mL 的 A280。

双序列比对在线工具(Needleman-Wunsch 全局比对)

两条序列全局比对,给出比对结果、得分、一致度与错配/空位统计。

没有广告,不收集数据,每个公式都验算过。维护它需要持续投入——如果帮你省了时间,请杯咖啡。
请杯咖啡 了解更多 →