PCR 程序运行时间计算器（扩增子大小 × 延伸速率一键估算）

核心公式

PCR 程序总耗时由三部分加和：

总时间 (s) = 初始变性 + N_循环 × (变性 + 退火 + 延伸) + 末端延伸

其中每循环的延伸时间由扩增子大小和聚合酶速率共同决定：

t_延伸 = max(t_最短延伸, amplicon_bp / (rate_kb_per_min × 1000) × 60)

max(...) 保证即使扩增子极短，每循环也不低于聚合酶推荐的最短延伸时间。

算出的延伸时间向上取整到整秒：热循环仪的程序只能按整秒设置， 而且宁可多 1 秒也不要少延伸（延伸不足会掉产量，多 1 秒没有代价）。 所以 1234 bp 配 1 kb/min 得到的是 75 s，不是 74.04 s。

延伸速率数据来源

各聚合酶的预设参数均取自厂商技术手册，速率定义为「单链合成速度」：

速率是条件依赖的：GC 含量 ≥65%、有二级结构的模板、或低 dNTP 浓度时，实际速率可能低于标称值。曾经标定过自己模板的用户可在「自定义」里填实测速率。

适用边界

1. 不含温度爬升时间（ramp rate）：本工具假设各档温度瞬时到达，实际仪器存在爬升，总耗时通常比结果长 10–25%。
2. 不含热盖预热等待：部分仪器在初始变性前有 2–3 min 的热盖加热，不在本工具计算范围内。
3. 短片段延伸时间受最短值约束：扩增子 ≤ 500 bp 时，延伸时间通常由「最短延伸」决定，而非长度公式，速率不同的聚合酶在这一段的差异会明显缩小。
4. 不做循环数优化或产量估算，只算时间。

常见错误

误用模板大小代替扩增子大小 延伸时间取决于扩增子（两条引物之间的区域）大小，与模板 DNA 全长无关。用质粒（5 kb）扩增一段 800 bp 的目的基因，延伸时间按 800 bp 算，不按 5000 bp 算。

把 Taq 的 1 min/kb 套在高保真酶上 将 Phusion 的延伸时间也设成 1 min/kb，会把每循环多浪费 30 s，30 个循环多等 15 min；反过来用 Phusion 的时间跑 Taq 会导致产量下降。更换聚合酶时一并更新延伸时间。

延伸时间凑整分钟而不看实际秒数 对 KAPA HiFi（15 s/kb）来说，2 kb 只需 30 s；如果习惯性设成 2 min，30 个循环白白多等 45 min。本工具直接输出整秒，可以照着填进热循环仪。

可以验算的算例

算例 1：Taq，2 kb 扩增子，30 个循环

条件：初始变性 300 s，变性 30 s，退火 30 s，延伸速率 1 kb/min，最短延伸 30 s，末端延伸 420 s。

t_延伸 = max(30, 2000 / (1 × 1000) × 60) = max(30, 120) = 120 s
总时间 = 300 + 30 × (30 + 30 + 120) + 420
       = 300 + 5400 + 420
       = 6120 s = 102 min

算例 2：Phusion，500 bp 扩增子，30 个循环

条件：初始变性 30 s，变性 10 s，退火 30 s，延伸速率 2 kb/min，最短延伸 15 s，末端延伸 120 s。

t_延伸 = max(15, 500 / (2 × 1000) × 60) = max(15, 15) = 15 s
总时间 = 30 + 30 × (10 + 30 + 15) + 120
       = 30 + 1650 + 120
       = 1800 s = 30 min

两个算例均可手算核对。