引物复溶与稀释计算器
合成好的引物寄到手里是冻干粉,管上只写一个量(比如 32.5 nmol 或 200 µg)。
要配成能用的母液,得自己算加多少水——这一步算错,后面所有反应的引物浓度都是错的。
这个工具把复溶和稀释一次算清,并顺带给出这管引物够做多少个反应。
换算本身:把单位写全就不会错
出错几乎都出在单位上。把定义摊开写:
C(µM) = µmol/L = nmol/mL = (nmol / 1000) 每 µL
所以配母液要加的体积是:
V(µL) = n(nmol) × 1000 / C(µM)
记住 100 µM 这个特例就够用了:配 100 µM 时,V = n × 10。
一管 32.5 nmol,加 325 µL 水,就是 100 µM。
为什么大家都配 100 µM
100 µM 是母液的事实标准,原因是它同时满足两件事:
- 浓度够高,冻存体积小、反复冻融次数少;
- 稀释倍数好算,稀释 10 倍就是 10 µM 工作液, 而 10 µM 工作液在 20 µL 体系里加 1 µL,终浓度正好 0.5 µM—— 这是 PCR 引物最常用的终浓度。
整条链路都是 10 的整数倍,心算就能核对,这比省那点移液枪操作重要得多。
一管引物能做多少反应
以 32.5 nmol 为例:
| 步骤 | 结果 |
|---|---|
| 复溶成 100 µM | 325 µL |
| 全部稀释成 10 µM | 3250 µL |
| 每个 20 µL 反应加 1 µL | 3250 个反应 |
所以常规合成规模(最小那一档)对绝大多数实验都是远远够用的, 没必要为了「够用」去订更大的合成量。真正的限制是引物的保存时间,不是量。
nmol 还是 µg
管上两个数都有时,用 nmol。
因为 µg 换算回 nmol 需要分子量,而分子量取决于末端形式: 合成引物默认是 5′-OH,比 5′ 磷酸的形式轻一个 HPO₃(79.98 g/mol)。 20 nt 的引物上这就是约 1.3% 的差别。本工具按 5′-OH 算, 与 序列基本统计 给出的 5′-OH 分子量口径一致。
如果你订的是 5′ 磷酸化引物(做连接、LCR 之类),换算要用带磷酸的分子量。
用水还是 TE
两种都常见,取舍在于:
- TE(10 mM Tris,0.1–1 mM EDTA) 更稳,EDTA 螯合二价金属离子, 抑制依赖金属的核酸酶,长期冻存首选。
- 水 不引入任何缓冲成分,适合对下游体系敏感的应用。 但水的 pH 容易偏酸,酸性条件会促进脱嘌呤。
注意 TE 里的 EDTA 会带进反应体系,如果引物加量大、而反应又对 Mg²⁺ 敏感(比如某些 qPCR), 用低 EDTA 的 TE(0.1 mM)或直接用水。
开管前先离心
冻干粉在运输中会飞散到管壁和管盖上。开盖前先短暂离心把粉甩到管底, 否则开盖那一下就损失掉一部分——而你并不知道损失了多少, 算出来的浓度自然也是错的。这是复溶环节最常见、也最容易避免的系统误差。
这个工具的边界
只按标示量算,不测浓度。 标示的 nmol 是合成后按 OD 估的,本身有误差。 要知道复溶后的真实浓度,得测 A260——用 核酸浓度换算。
不支持从 OD₂₆₀ 单位换算。 有些厂商管上标的是 OD 而不是 nmol, 换算需要该序列的消光系数(需按最近邻方法逐条计算),本工具不做这一步。
不判断引物本身好不好。 复溶只是拿到引物之后的第一步; 序列本身是否会形成二聚体、Tm 是否匹配,见 引物二聚体检测 和 最近邻法 Tm 计算器。
常见问题
管上写的 nmol 和 µg,该按哪个算?
按 nmol。µg 换算回物质的量需要分子量,而分子量取决于末端形式:合成引物默认 5′-OH,比 5′ 磷酸化的形式轻一个 HPO₃(79.98 g/mol),20 nt 的引物上约差 1.3%。nmol 是直接的物质的量,不经过这一层换算,也就不会错。
为什么母液都配成 100 µM?
因为整条链路都是 10 的整数倍,心算就能核对:100 µM 稀释 10 倍是 10 µM 工作液,10 µM 在 20 µL 体系里加 1 µL,终浓度正好 0.5 µM——PCR 引物最常用的终浓度。另外 100 µM 浓度够高,冻存体积小、反复冻融的次数也少。
复溶用水还是 TE?
长期冻存建议 TE:其中的 EDTA 螯合二价金属离子,能抑制依赖金属的核酸酶;纯水 pH 容易偏酸,酸性会促进脱嘌呤。但 TE 里的 EDTA 会随引物带进反应体系,如果引物加量大而反应对 Mg²⁺ 敏感(比如某些 qPCR),就用 0.1 mM EDTA 的低 TE 或直接用水。
开管有什么要注意的?
开盖前一定先短暂离心。冻干粉在运输途中会飞散到管壁和管盖上,直接开盖会损失一部分,而且你不知道损失了多少,算出来的浓度就是错的。这是复溶环节最常见也最容易避免的系统误差。
一管引物能做多少个反应?
以最小合成规模 32.5 nmol 为例:复溶成 100 µM 是 325 µL,全部稀释成 10 µM 是 3250 µL,每个 20 µL 反应用 1 µL 的话够做 3250 个。所以常规合成量对绝大多数实验都远远够用,真正的限制是保存时间而不是总量。
算出来的浓度准吗?
这是按管上标示量算的理论值。标示的 nmol 本身是合成后按 OD 估算的,有误差;再加上开管损失、移液误差,实际浓度会有出入。对浓度敏感的实验(比如绝对定量),复溶后应该测 A260 确认真实浓度。
为什么不支持 OD₂₆₀ 单位?
从 OD₂₆₀ 换算物质的量需要该序列的消光系数,而消光系数要按最近邻方法逐条算——它取决于相邻碱基的组合,不是简单按碱基数加总。本工具没有内置这套参数,所以不做这一步,而不是给一个近似值让你以为它准。