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统计分析计算器

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这一类的难点从来不是算,是

不知道该用哪个就先开统计检验选择器: 按数据类型、组数、配对与否走一遍,它会告诉你落在哪个检验上,以及为什么。

最常见的错误有三个,每一个都有对应的工具:

  1. 多重比较不校正。做 20 次检验,光靠运气就有一次 p < 0.05。 FDR / Benjamini-Hochberg 校正处理这件事; 组学数据里这不是可选项。
  2. 对不满足正态的数据用 t 检验。样本量小的时候正态性检验本身也没什么把握, 这时非参数检验更稳。
  3. 把相关当成效应相关系数给的是共变程度, Pearson 只抓线性、Spearman 抓单调;而 R² = 0.9 和「有意义」之间没有必然联系, n 很小的时候高 R² 尤其廉价

做实验之前还有一件该做的事:样本量估算。 事后算出来的 power 说明不了任何问题,事前定的样本量才有意义。

组学相关的几个单列:log₂FC富集检验RNA-seq 归一化ΔΔCt。 它们背后仍然是上面那几条原则,只是换了语境。

统计分析

多重检验校正在线计算:BH (FDR)、BY 与 Bonferroni

粘贴一列 p 值,一次得到 BH 的 q 值、BY 与 Bonferroni 校正值,三者并列对照。

qPCR 2^-ΔΔCt 相对定量在线计算

粘贴 Ct 表,自动算 ΔCt、ΔΔCt、相对表达倍数与组内离散度。

基因列表交集并集差集在线计算(Venn 集合运算)

粘贴 2–3 组基因/ID 列表,一键得到交集、并集、各自独有,含去重与大小写归一。

log2FC 与倍数变化 (Fold Change) 在线互转

log2FC ↔ 倍数、上调下调百分比,附常用阈值对照表。

标准曲线线性回归与未知样本反算(BCA / Bradford / ELISA)

粘贴标准品浓度与读数,得到斜率、截距、R²,并反算未知样本浓度。

测序深度与数据量在线计算(Lander-Waterman)

在测序深度、reads 数、数据量与基因组大小之间双向换算。

两组比较样本量估算(t 检验 / 比例检验)

按效应量、显著性水平与把握度,估算每组需要多少样本。

群落多样性指数在线计算(Shannon / Simpson / Chao1)

粘贴物种丰度表,算出 Shannon、Simpson、均匀度与 Chao1 丰富度估计。

富集显著性检验在线计算(超几何分布 / Fisher 精确检验)

输入背景基因数、通路基因数、列表长度与重叠数,算出 p 值、富集倍数与期望重叠。

qPCR 扩增效率与 Pfaffl 相对定量在线计算(标准曲线斜率求 E)

用系列稀释的 Ct 拟合标准曲线,算扩增效率 E 与 R²;再按 Pfaffl 公式做效率校正的相对定量。

RNA-seq 表达量归一化在线计算:RPKM / FPKM / TPM 互算

粘贴基因的 read 数与长度,一次算出 RPKM / FPKM 与 TPM,并直接看出 TPM 合计为 100 万而 RPKM 不是。

t 检验在线计算:独立样本 / 配对样本 / 单样本(含 Welch 校正)

粘贴两组数即可算出 t 值、自由度、双尾 p 值、均值差置信区间与 Cohen's d,默认用 Welch 校正。

单因素方差分析在线计算(含两两比较与多重校正)

三组及以上均值比较,给出 F 值、方差分析表、p 值与 η²,并可做两两比较(Bonferroni 或 BH 校正)。

Mann-Whitney U 与 Wilcoxon 符号秩检验在线计算

偏态数据或等级资料的两组比较,给出 U/W 统计量、精确或近似 p 值、效应量,并提示该样本量下最小可能的 p。

卡方检验与 Fisher 精确检验在线计算(含 OR / RR)

列联表独立性检验,给出 Pearson 卡方、Yates 校正与 Fisher 精确 p 值,2×2 表另给优势比与相对危险度及置信区间。

相关系数在线计算:Pearson、Spearman 与 Kendall

一次算出三种相关系数与各自的 p 值,给出 Pearson 的置信区间与 r²,并在结果异常时提示离群点或非线性。

统计检验怎么选:按数据类型、组数与配对关系对照

回答三个问题就能定下用哪种检验:比数值还是比比例、有几组、是否配对。每一行直接链到对应工具。

米氏方程 Km 与 Vmax 计算(非线性拟合 + 三种线性化对照)

输入若干组底物浓度与反应速率,用非线性拟合求 Km 与 Vmax,并把 Lineweaver-Burk、Hanes-Woolf、Eadie-Hofstee 三种线性化的结果并排列出——它们的分歧本身就是数据质量的读数。

IC50 / EC50 四参数拟合计算器(含数据可信度检查)

输入若干组浓度与响应,用四参数 logistic 拟合 IC50/EC50、Hill 斜率与两端平台,并检查浓度有没有铺到平台、固定斜率会让结果偏多少——这两件事比 R² 重要。

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